COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-27 17:00:00 2.053571 2.053571 1.923814
2021-06-26 17:00:00 1.550990 1.550990 1.946004
2021-06-25 17:00:00 1.775483 1.775483 1.976674
2021-06-24 17:00:00 8.110946 2.156796 2.024782
2021-06-23 17:00:00 1.909140 1.909140 2.085124
2021-06-22 17:00:00 1.718991 1.718991 2.123638
2021-06-21 17:00:00 2.278901 2.278901 2.223817

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-27 17:00:00 1.854220 1.854220 1.697424
2021-06-26 17:00:00 0.905387 1.499250 1.774494
2021-06-25 17:00:00 1.424288 1.424288 1.790913
2021-06-24 17:00:00 3.956479 2.176063 1.824910
2021-06-23 17:00:00 1.792115 1.792115 1.881023
2021-06-22 17:00:00 1.160714 1.160714 1.932354
2021-06-21 17:00:00 2.512563 2.055993 1.994539

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-27 17:00:00 7.971014 7.971014 6.020575
2021-06-26 17:00:00 5.039788 6.529210 5.907702
2021-06-25 17:00:00 2.749141 2.749141 5.829781
2021-06-24 17:00:00 9.210526 9.210526 6.022151
2021-06-23 17:00:00 4.109589 4.109589 6.079739
2021-06-22 17:00:00 5.306122 4.467354 6.264069
2021-06-21 17:00:00 4.878049 1.381693 6.106708

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-27 17:00:00 2.777778 2.777778 1.829589
2021-06-26 17:00:00 2.028509 2.028509 2.010166
2021-06-25 17:00:00 1.817335 1.817335 2.112039
2021-06-24 17:00:00 1.342883 1.342883 2.204596
2021-06-23 17:00:00 2.626421 2.626421 2.292359
2021-06-22 17:00:00 0.714586 0.714586 2.329674
2021-06-21 17:00:00 2.247191 0.931099 2.427827

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-27 17:00:00 6.547209 6.547209 7.924047
2021-06-26 17:00:00 6.036122 8.752584 7.887343
2021-06-25 17:00:00 5.153949 5.153949 7.707222
2021-06-24 17:00:00 7.881773 7.881773 7.792664
2021-06-23 17:00:00 7.580979 7.580979 8.104607
2021-06-22 17:00:00 7.574537 7.574537 8.425573
2021-06-21 17:00:00 12.449799 43.574297 8.711451

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-27 17:00:00 4.903537 4.903537 4.542120
2021-06-26 17:00:00 4.492053 4.492053 4.668635
2021-06-25 17:00:00 4.552716 4.552716 4.705832
2021-06-24 17:00:00 4.828974 4.828974 4.831139
2021-06-23 17:00:00 3.260225 3.260225 4.839957
2021-06-22 17:00:00 2.591284 2.591284 4.734793
2021-06-21 17:00:00 9.782609 9.782609 5.028183

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-27 17:00:00 0.823893 0.823893 1.395598
2021-06-26 17:00:00 1.329601 1.866405 1.375583
2021-06-25 17:00:00 1.936108 1.936108 1.395317
2021-06-24 17:00:00 -0.068666 2.420136 1.413588
2021-06-23 17:00:00 0.903614 0.903614 1.456968
2021-06-22 17:00:00 1.473477 1.473477 1.449945
2021-06-21 17:00:00 0.692042 0.195027 1.412719

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-27 17:00:00 3.647059 3.647059 2.800765
2021-06-26 17:00:00 2.268160 2.268160 2.773577
2021-06-25 17:00:00 3.067071 3.067071 2.859654
2021-06-24 17:00:00 2.784156 2.784156 2.872234
2021-06-23 17:00:00 2.898984 2.898984 2.931825
2021-06-22 17:00:00 2.191294 2.191294 2.958105
2021-06-21 17:00:00 3.347478 3.347478 2.984384

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-27 17:00:00 0.801925 0.801925 0.692987
2021-06-26 17:00:00 0.379687 0.379687 0.765820
2021-06-25 17:00:00 0.682594 0.682594 0.825370
2021-06-24 17:00:00 0.328407 0.807754 0.891443
2021-06-23 17:00:00 0.200401 0.804829 0.972315
2021-06-22 17:00:00 0.775795 0.775795 1.004895
2021-06-21 17:00:00 1.109570 1.109570 1.044805

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-27 17:00:00 1.018313 1.018313 1.086855
2021-06-26 17:00:00 0.804308 0.984084 1.113828
2021-06-25 17:00:00 1.087221 1.087221 1.103343
2021-06-24 17:00:00 1.327737 1.327737 1.141425
2021-06-23 17:00:00 1.179755 1.179755 1.195492
2021-06-22 17:00:00 1.218333 1.218333 1.229732
2021-06-21 17:00:00 1.367606 0.693371 1.238423

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-27 17:00:00 1.340206 1.340206 1.427479
2021-06-26 17:00:00 0.563698 1.465614 1.426154
2021-06-25 17:00:00 1.591187 1.591187 1.493693
2021-06-24 17:00:00 1.336303 1.336303 1.524921
2021-06-23 17:00:00 1.090909 1.090909 1.581246
2021-06-22 17:00:00 1.818182 1.818182 1.602244
2021-06-21 17:00:00 0.000000 1.547189 1.570774

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-27 17:00:00 2.015677 1.024328 0.986275
2021-06-26 17:00:00 1.012658 1.012658 1.033161
2021-06-25 17:00:00 1.036269 1.036269 1.152578
2021-06-24 17:00:00 1.829268 1.829268 1.183935
2021-06-23 17:00:00 0.402414 0.402414 1.179733
2021-06-22 17:00:00 0.280899 0.280899 1.267984
2021-06-21 17:00:00 0.000000 0.000000 1.302529

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-27 17:00:00 1.041667 1.041667 3.099343
2021-06-26 17:00:00 4.123711 4.123711 3.196694
2021-06-25 17:00:00 3.030303 3.030303 3.365052
2021-06-24 17:00:00 2.439024 2.439024 3.422568
2021-06-23 17:00:00 4.830918 4.830918 3.525303
2021-06-22 17:00:00 1.587302 1.587302 3.647378
2021-06-21 17:00:00 4.545455 1.744186 3.626530

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-27 17:00:00 0.245700 0.245700 0.645730
2021-06-26 17:00:00 0.375940 0.375940 0.667396
2021-06-25 17:00:00 1.111111 1.111111 0.703478
2021-06-24 17:00:00 0.650407 0.650407 0.762075
2021-06-23 17:00:00 1.369863 1.369863 0.767157
2021-06-22 17:00:00 0.509338 0.509338 0.800454
2021-06-21 17:00:00 1.197605 0.332226 0.800019

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-27 17:00:00 0.935990 0.935990 0.859511
2021-06-26 17:00:00 0.484357 0.814978 0.862859
2021-06-25 17:00:00 0.695134 0.695134 0.872483
2021-06-24 17:00:00 0.825120 0.825120 0.906414
2021-06-23 17:00:00 1.123348 1.123348 0.942514
2021-06-22 17:00:00 0.837989 0.837989 0.979999
2021-06-21 17:00:00 0.920387 0.920387 1.054141

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-27 17:00:00 5.092593 5.092593 3.550356
2021-06-26 17:00:00 2.939686 2.939686 3.648682
2021-06-25 17:00:00 4.215747 4.215747 3.758060
2021-06-24 17:00:00 2.277657 2.277657 3.881953
2021-06-23 17:00:00 4.538905 4.538905 4.073044
2021-06-22 17:00:00 3.747454 3.747454 4.386424
2021-06-21 17:00:00 1.660839 1.660839 4.460181

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-27 17:00:00 1.126972 1.126972 0.765070
2021-06-26 17:00:00 1.083238 1.083238 0.747601
2021-06-25 17:00:00 0.675261 0.675261 0.720540
2021-06-24 17:00:00 0.694143 0.694143 0.672677
2021-06-23 17:00:00 0.834879 0.834879 0.689811
2021-06-22 17:00:00 0.227964 0.368324 0.707640
2021-06-21 17:00:00 0.692042 0.246457 0.766997

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-27 17:00:00 4.819800 4.819800 3.133068
2021-06-26 17:00:00 2.725933 2.725933 3.209780
2021-06-25 17:00:00 2.558228 2.558228 3.313623
2021-06-24 17:00:00 2.356902 2.356902 3.427595
2021-06-23 17:00:00 3.938185 3.938185 3.430112
2021-06-22 17:00:00 2.378398 2.378398 3.462768
2021-06-21 17:00:00 3.591044 3.591044 3.566007

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-27 17:00:00 0.934330 0.934330 1.143240
2021-06-26 17:00:00 1.200924 1.200924 1.159052
2021-06-25 17:00:00 1.028655 1.028655 1.174242
2021-06-24 17:00:00 1.407365 1.407365 1.176830
2021-06-23 17:00:00 1.082720 1.082720 1.226756
2021-06-22 17:00:00 0.519967 1.143927 1.235671
2021-06-21 17:00:00 2.304147 0.976139 1.268125

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-27 17:00:00 1.395349 1.395349 2.311079
2021-06-26 17:00:00 3.167421 3.167421 2.279094
2021-06-25 17:00:00 3.470032 3.470032 2.307161
2021-06-24 17:00:00 1.927195 1.927195 2.391061
2021-06-23 17:00:00 2.152080 3.440367 2.396898
2021-06-22 17:00:00 1.400000 1.400000 2.469397
2021-06-21 17:00:00 1.428571 0.917431 2.494114

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-27 17:00:00 1.000000 1.000000 0.998273
2021-06-26 17:00:00 0.000000 0.000000 1.076650
2021-06-25 17:00:00 4.854369 1.941748 1.132788
2021-06-24 17:00:00 1.769912 1.769912 1.240552
2021-06-23 17:00:00 1.030928 1.030928 1.285856
2021-06-22 17:00:00 0.961538 0.961538 1.364578
2021-06-21 17:00:00 0.000000 0.000000 1.426169

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-27 17:00:00 2.947224 2.947224 2.147741
2021-06-26 17:00:00 1.870079 1.870079 2.201664
2021-06-25 17:00:00 2.530730 2.530730 2.284237
2021-06-24 17:00:00 1.902174 1.902174 2.337893
2021-06-23 17:00:00 2.323376 2.323376 2.440909
2021-06-22 17:00:00 4.109589 2.097603 2.566651
2021-06-21 17:00:00 0.778210 0.778210 2.767820

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 1.854220 1.854220 1.697424
Basilicata 7.971014 7.971014 6.020575
Calabria 2.777778 2.777778 1.829589
Campania 6.547209 6.547209 7.924047
Emilia-Romagna 4.903537 4.903537 4.542120
Friuli Venezia Giulia 0.823893 0.823893 1.395598
Lazio 3.647059 3.647059 2.800765
Liguria 0.801925 0.801925 0.692987
Lombardia 1.018313 1.018313 1.086855
Marche 1.340206 1.340206 1.427479
Molise 2.015677 1.024328 0.986275
P.A. Bolzano 1.041667 1.041667 3.099343
P.A. Trento 0.245700 0.245700 0.645730
Piemonte 0.935990 0.935990 0.859511
Puglia 5.092593 5.092593 3.550356
Sardegna 1.126972 1.126972 0.765070
Sicilia 4.819800 4.819800 3.133068
Toscana 0.934330 0.934330 1.143240
Umbria 1.395349 1.395349 2.311079
Valle d'Aosta 1.000000 1.000000 0.998273
Veneto 2.947224 2.947224 2.147741

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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